ترکیبات مضر مثل فلزات سنگین و آلودگی میکروبی است که با توجه به نوع خاک و نوع کشت می تواند اثرات سوئی داشته باشد. از جمله این اثرات شور شدن و یا انباشتگی فلزات سنگین در خاک است .برخی از فلزات سنگین از طریق خاک وارد گیاه شده و به این وسیله در چرخه غذایی انسان وارد می شوند.
بازیابی و استفاده از فاضلابهای تصفیه شده
بازیافت آب یا تصفیه پیشرفته پساب و بازیابی مجدد آن فرآیند قابل اطمینانی است که در طی آن فاضلاب به آب قابل استفاده مجدد تبدیل می شود. بازیافت آب استفاده از فاضلاب تصفیه شده برای مصارف سودمند، از قبیل آبیاری کشاورزی و خنک سازی در صنعت است. فاضلاب شهری تصفیه شده حاوی بسیاری از منابع قابل اطمینان و مهم نسبت به فاضلاب های رسیده از جریان های بازگشتی کشاورزی، سیلاب های بارانی و تخلیه های صنعتی است.